Miškas – gyvas ir jautrus organizmas, jį puola ligos ir įvairūs kenkėjai. Tad miškininkai pastoviai žvalgo miškus, stebėdami, ar medžiai sveiki, neužpulti vabzdžių ar ligų, ar nėra vėjavartų bei sniegalaužų. Miško kenkėjų išplitimo prognozei miškų urėdija naudoja feromonines vabzdžių gaudykles, o apsaugai – vabzdžiagaudžius medžius, biologines apsaugos priemones: 
kelia inkilus vabzdžialesiams paukščiams, aptveria skruzdėlynus, palieka uoksinius medžius, tinkamus paukščiams perėti, atkuriant mišką, sodina nektaringuosius augalus, kurie privilioja vabzdžius entomofagus, mintančius vabzdžiais kenkėjais. Ir tik paskutiniu atveju, kada visos priemonės neefektyvios, taikoma kraštutinė priemonė – sanitariniai miško kirtimai. Kai susiformuoja kenkėjų ar ligų židiniai didesniame nei 0,1 ha plote – taikomi sanitariniai plyni kirtimai.
Miškų urėdijos miškai 2010 metais nukentėjo nuo rugpjūčio mėnesį praūžusio škvalo, paveikusio pietų ir vidurio Lietuvos miškus. Labiausiai nukentėjo Kruonio ir Pravieniškių girininkijos. Škvalo pasekmės buvo juntamos dar tris metus – džiūvo dėl vėjo patrauktų šaknų nusilpę medynai, pagausėjo spygliuočių liemenų kenkėjų židinių, tai rodo padidėjusios sanitarinių kirtimų apimtys 2011-2013 metais.